Yargıya taşınan dosyada sağlık raporları, kolluk tutanakları ve uzman mütalaaları belirleyici oldu. Laboratuvar analizleri ile Adli Tıp Kurumu verilerini inceleyen savcılık, öğrencilerin yaşadığı klinik tablonun ortak tüketilen gıdalardan kaynaklandığını tespit etti. Raporda, yaşanan sağlık sorununun çocukların hayati tehlike atlatmasına neden olmadığı ancak vücut bütünlüklerini bozacak nitelikte bir zehirlenmeye yol açtığı vurgulandı. Soruşturma kapsamında firmanın yetkilisi, dağıtımı sahada koordine eden kamu görevlisi ve ürünlerin nakliyesini üstlenen taşıyıcılar baş şüpheli olarak tanımlandı. Tek bir eylemle birden fazla çocuğun etkilendiği gerekçesiyle şüpheliler hakkında zincirleme suç hükümleri uygulanarak ceza artırımı talep edildi.
Okul girişinde mobilize ekiplerce sunulan sandviç, kek ve süt gibi ikramların ardından patlak veren krizde, dönemin mülki idare amirleri dağıtım öncesinde yasal olarak alınması gereken şahit numune işlemlerinin eksik yapıldığına dikkat çekmişti. Olay günü hızlı müdahaleyle taburcu edilen çocukların adli muayene raporlarını dosyaya ekleyen yargı makamları, şüphelilerin bozulmuş gıda ticareti yapmak suçundan Asliye Ceza Mahkemesinde hakim karşısına çıkmasına karar verdi. Haklarında kamu davası açılması için yeterli delil seviyesine ulaşılan sanıkların önümüzdeki günlerde yargılanmasına başlanacak.

